在种苗生产过程中重要的工作是水分管理。
尤其是四角和盘边的孔穴，一定要与中间的孔穴一样，基质不能装的过满，装满后各个格室应能清晰可见。
穴盘苗生产水分管理一般以子叶展开为分界线。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
穴孔直径大小不同，育苗盘，孔穴数在18-800之间。栽培中、小型种苗，以72--288孔穴盘为宜。
底部无孔的可以用作化蛹盘，可孵化蚕蛹、蛋白虫、面包虫、黄粉虫等。
移栽时不损伤根系，缓苗迅速，成活率高。苗木长大后，就应开始使用控根快速育苗技术，塑料育苗盘，移入控根快速育苗容器内，继续生长。控根快速育苗容器是一种以调控根系生长的新型快速育苗技术，西红柿育苗盘，对防止根腐病和主根的盘绕有的功效。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，番茄育苗盘，能与各种手动及自动播种机配套使用
穴盘育苗在由填料、播种、催芽等过程中均可利用机械完成， 操作简单、快捷，适于规模化生产。
种子分播均匀，成苗率高，降低了种子成本。
穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
有些穴盘在穴孔之间还有通风孔，这样空气可以在植株之间流动。使叶片干爽，减少病害，干燥均匀，---整盘植株长势均匀。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。
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