在种苗生产过程中重要的工作是水分管理。
尤其是四角和盘边的孔穴，西红柿育苗盘，一定要与中间的孔穴一样，基质不能装的过满，装满后各个格室应能清晰可见。
穴盘苗生产水分管理一般以子叶展开为分界线。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
各穴孔填充程度要均匀一致，否则基较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡； 播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，育苗盘，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。
播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，要先浇少量的水，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间（草苫覆盖保湿后），那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，能与各种手动及自动播种机配套使用
穴盘育苗在由填料、播种、催芽等过程中均可利用机械完成， 操作简单、快捷，适于规模化生产。
种子分播均匀，成苗率高，降低了种子成本。
穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
有些穴盘在穴孔之间还有通风孔，这样空气可以在植株之间流动。使叶片干爽，减少病害，干燥均匀，---整盘植株长势均匀。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。
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